Les données disponibles pour le Maroc montrent que l'endémicité et la diversité des espèces y sont particulièrement élevées. On y a recensé quelque 3800 espèces de plantes, dont 829 endémiques. Parmi ces dernières figurent quatre espèces en risque d'extinction, tandis que 238 sont directement menacées. D'autres pays sont représentatifs de l'ensemble de la région en raison de la richesse des espèces et de l'endémisme, notamment la Syrie (2600 espèces, dont 395 endémiques) et la Grèce (4000 espèces, dont 554 endémiques). Le taux d'endémisme est assez élevé dans les îles méditerranéennes, comptant souvent 10% d'espèces endémiques.

La diversité biologique de la Méditerranée ne se limite pas aux plantes. 35 des 62 espèces d'amphibiens retrouvées dans la région sont endémiques (56%), tout comme 111 des 179 espèces de reptiles (62%). Au Maroc, par exemple, on dénombre 93 espèces de reptiles, dont 20 endémiques (21%). Sur les 184 espèces de mammifères recensées, 25% sont endémiques, et 52 sont menacées (sans compter les mammifères marins).

La Méditerranée est aussi extrêmement importante pour ses populations d'oiseaux, car elle se trouve sur la route de millions d'oiseaux d'eau migrateurs. Les zones humides méditerranéennes fournissent des gîtes d'étapes ou des sites saisonniers à quelque deux milliards de migrateurs appartenant à 150 espèces. Vingt espèces d'oiseaux menacées à l'échelle du globe vivent dans la région. Sept d'entre elles se reproduisent dans les zones humides méditerranéennes, qui abritent aussi quelque 70 autres espèces menacées localement. La pression exercée sur les ressources aquatiques dans de nombreux pays méditerranéens accentue la vulnérabilité de ce biome.

Avec près de 5000 îles et îlots (les chiffres diffèrent légèrement d'une autorité à une autre), la mer Méditerranée compte l'un des groupes d'îles les plus importants au monde. La région revêt une très grande importance pour la biodiversité dans le monde en raison de la richesse des espèces qui s'y trouvent, du taux d'endémicité relativement élevé, d'une longue histoire et sa tolérance à toutes sortes de perturbations, ainsi que du rôle qu'elle joue en tant que laboratoire naturel pour des études sur l'évolution. Il existe environ 4000 îles d'une superficie inférieure à 10 km2 en Méditerranée, et 162 îles dont la superficie est au moins égale à 10 km2. Les neuf îles méditerranéennes de plus de 1 000 km2 représentent 83% de la superficie totale de toutes les îles.

Tous les pays méditerranéens ont créé des réseaux d'aires protégées en vue d'assurer la protection d'espaces vierges ou représentatifs, terrestres ou marins. Certains sont inhabités; dans d'autres, la conservation du patrimoine naturel dépend de la participation active des populations locales à l'intérieur ou à proximité de ces zones.

L'environnement marin en Méditerranée
La mer Méditerranée couvre environ 2,5 millions de km2, et compte quelque 46000 km de côtes. Elle est considérée comme une mer peu productive, malgré la diversité considérable des espèces qu'elle comporte. La mer Méditerranée abrite 6% des espèces existant dans le monde pour une superficie qui représente moins d'1 pour cent de la surface totale des mers et océans du globe. Si une grande partie de la faune présente est originaire de l'océan Atlantique ou de la mer Rouge, les niveaux d'endémicité sont également élevés (28%), avec notamment certaines espèces emblématiques dont la conservation est un motif de préoccupation dans le monde entier. Dans la mer, quelque 20 espèces de cétacés sont présentes, des petits dauphins aux énormes baleines à fanons et baleines dentées, et il peut y avoir des échanges migratoires de grande ampleur avec l'océan Atlantique à travers le détroit de Gibraltar.

L'introduction d'espèces non indigènes constitue l'un des impacts les plus marqués et les plus irréversibles des activités de l'homme sur les écosystèmes naturels.

En mer Méditerranée, on estime à 10006 environ le nombre d'espèces exotiques5. Nombre d'entre elles sont devenues envahissantes et ont causé des dommages considérables à l'économie et à l'écologie dans certains pays méditerranéens.

La Méditerranée abrite de nombreuses espèces menacées d'extinction, mais aucun statut n'a encore été attribué à certains groupes marins vulnérables et peu connus, comme les requins et autres espèces qui leur sont apparentées. Jusqu'à présent, l'attention s'est portée sur les espèces-phares et charismatiques, telles que le phoque moine ou les tortues marines, mais la reconnaissance, pour la première fois, d'un statut pour les requins a montré que certaines espèces sont considérées comme ayant disparu de la mer Méditerranée, et que d'autres sont menacées d'extinction.