Dans toute la mise en place du Programme de la Biodiversité en Afrique du Nord, l'accent a été mis sur le participation des communautés, là où les actions pour la conservation des ressources naturelles étaient mises en oeuvre avec les communautés rurales. La confiance de la population, son adhésion et sa compréhension du Programme, aussi bien que son implication dans les actions de conservation, en tant qu'approche participative, ont été essentielles. Un séminaire de formation sur les approches participatives a eu lieu en Tunisie avec des participants de toute la région pour présenter les procédés de prise de décision participative.

Les communautés locales ont été impliquées dans les décisions et la gestion du Programme, ainsi que dans sa mise en place. En Tunisie par exemple, un diagnostic participatif a été organisé avec la population afin d'identifier les actions à prendre pour le développement durable et la conservation de la biodiversité dans la zone. Un Comité de Développement a également été constitué avec la population pour coordonner les actions futures à prendre.

Le Programme avait pour but de renforcer le pouvoir des communautés locales dans la conservation de la biodiversité, en insistant particulièrement sur les femmes. Il a permis une amélioration du cadre de vie de la population en préservant les ressources naturelles, en augmentant les revenus et en améliorant les conditions de vie.