Durant la seconde phase (1998-2001), la participation communautaire a été mise en avant, mettant en place des activités de conservation des ressources naturelles avec les communautés rurales.

Des actions de prise de conscience, d’assistance technique, d’échanges de technologie et de savoir ont été entreprises ainsi que des études à petite échelle sur les plantes médicinales et d’autres plantes utiles pour l’économie, sur la distribution et la conservation des guépards, l’écotourisme, et le savoir traditionnel.

Dans chaque pays, 2 sous projets ont été mis en place. L’un des projets pour chaque pays était un « projet pour les femmes ».

Résultats :

• Détermination de la distribution du guépard en Afrique du Nord.
  
  
• Production d’un guide des plantes médicinales en Algérie.
  
  
• Réalisation de tests de propagation des plantes médicinales.
  
  
• Publication du livre Les Plantes Médicinales Sauvages en Egypte.
  
  
• Production d’une brochure sur la biodiversité en arabe.
  
  
• Inventaire des plantes médicinales dans le Parc National du Toukbal au Maroc.
  
  
• Travail à petite échelle avec des communautés, particulièrement avec les femmes (culture expérimentale de plantes médicinales, introduction des techniques de séchages et distillation, fours qui économisent du bois de chauffe, entre autres).